起先多尔衮等人并不相信，毕竟东方军团的补给线在己方的威胁之下，而且赵大河所部东进的速度并不快。
但随着一系列的消息传递到了坐镇朝阳的多尔衮手中，多尔衮不得不相信了。
首先清军发现，东方军团在女儿河、小凌河和大凌河的河谷地带修筑炮垒、挖掘壕沟，似乎是长期堵塞清军于河谷地带的意图。
其次，阿巴泰所部发现，海军陆战队再次占领了盖州海口处的连云岛，而且大兴土木。
这让多尔衮不敢怠慢，假如东方军团忽然撤退，从海上转移至盖州登陆，亦或者直接放弃后勤补给，一路从辽西走廊打过去，再以大军镇守辽西走廊东口，岂不是把清军主力堵在了辽西？
于是多尔衮只能命令多铎方面支援阿济格，并且让博洛迅速出击，争取突破女儿河口，再次威胁东方军团后路。
多尔衮的命令得到了很好的执行，多铎派遣一万五千人翻山越岭，支援阿济格，而多尔衮也抽调朝阳一带的后备部队增调给了阿济格，让阿济格麾下的军队超过了六万。
此后，在女儿河谷口和义州方向，发生了大规模的攻防战，形成了清军主动进攻占据地理优势的东方军团的局面，清军的伤亡极为惨重。
但这也迫使了赵大河停下了东进的脚步，在义州方向鏖战二十余日后，赵大河被迫选择撤退，再次退回了大凌河西岸，而阿济格率领主力立刻追击。
赵大河所部边打边退，一路丢弃补给和弹药，让阿济格不断的强突猛进，一度让多尔衮以为此战要取胜了。
但却不知道，他们已经掉进了李肇基的陷阱之中。
处于小凌河谷的李肇基并未率军后撤支援赵大河，甚至抽调自围城部队陈平所部也没有增援。
李肇基集结近卫师，淡水旅一个团和陈平所部，一共一万四千人，发起了对正面多铎部的冲击，李肇基把各部队里的掷弹兵和猎兵这些精锐部队组织起来，不断派遣他们从侧翼绕击清军后侧，迫使多铎所部不断后撤。
多铎部四万人，原本在第一次战役之中伤亡就最大，又抽调了一万五千人支援阿济格，麾下能打的不足万人，面对东方军团的精锐进攻，招架不住，只能从栈道撤往朝阳。
但李肇基并未追击，而是舍弃本部的辎重、重炮，直接沿着多铎部支援阿济格的山路，一路向东，顺利进入了大凌河谷地，沿着这片已经被满清开发的富饶谷地一路向东，直接切断了阿济格指挥的清军主力的退路。
并且于七月二日，与正面的赵大河部形成了夹击的态势。
阿济格左支右绌无法抵达，最终选择向小凌河谷地突围，但为时已晚，只有两万骑兵和四千步兵逃入了小凌河河谷地带，其余主力除了被歼灭击溃，大约有一万七千人退入了锦州要塞之中。
虽然第二次战役没有取得大规模的歼灭战，东方军团在运动之中，产生了大量的溃兵和俘虏，导致东方军团折损七千多人，但清军的损失明显更大，尤其是清军大规模进攻东方军团在河谷一带的坚固工事，导致了大量士兵伤亡。
而对于清军来说，最不利的还是大队清军退入了锦州要塞之中，连续两拨的军队退入，让锦州要塞的守军超过了四万人，这大大超过了锦州要塞的承受能力。
当然，粮草的耗尽暂时不是问题，关键在于，四万人在锦州要塞，成为了不可挪动的死棋。
当初为了把金州要塞打造成不可陷落的要塞，岳乐穷尽心思，精心挑选了地址，让要塞三面环水。岳乐曾经自豪的宣称，锦州要塞可以挡住十万东番贼的围攻，但问题在于，这座要塞也因为选址问题导致少量兵力就可以围困住里面的所有守军。
在前两次战役期间，都是陈平负责围困要塞，其本部三千人外加第二军的一个团，各舰上的陆战队加起来一千多人，以及一些临时武装的水手，另有七百多骑兵，兵力总计七千多人，就困住了两倍的守军。
现如今守军变成了四万人，李肇基只需要稍微调遣一些部队，就可以围住守军。
实际上，在后面的两次战役之中，东方军团都是以一万人就围困住了这四万人，而且，东方军团还得到了援军。
半岛的第三军送来了五个营，组成了一个步兵旅，而海军把从去年编成训练的三个团送来，加上一些武装水手，组成了一个新的师。
这些新到的部队，以新兵为主，李肇基对其进行了分配，将其配属给一些伤亡比较大的步兵旅，负责执行驻守宁远要塞，封堵锦州要塞，封锁女儿河谷口三个任务。
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